2012年台灣珊瑚礁總體檢行動4月29日在綠島展開第一站，體檢結果顯示，綠島珊瑚礁覆蓋率皆屬「優良」程度，但指標性魚類及無脊椎動物種類及數量非常稀少，且三個調查點皆可發現受到黑棉病感染的珊瑚群體。
時值春季，全台各地氣候都相當不穩定，綠島天候及海況也時時會產生變化，由於強烈西南氣流引進，全島僅有北面潛點可進行調查，因此調查團隊今年選擇在 2010年也曾進行過調查的將軍岩、柴口，以及公館鼻進行調查。
調查顯示，綠島珊瑚礁活珊瑚覆蓋率除將軍岩10米處較差，僅44%，其餘皆超過50%，依國際珊瑚礁體檢基金會標準，50%屬於「優良」；另僅有將軍岩5米處紀錄到環境衝擊因此──漁網，屬「低度」衝擊指數。
珊瑚覆蓋率優良 指標魚種卻稀少
調查過程中能見度皆有15-20米，但指標性魚類及無脊椎動物不管是種類或數量都相當稀少，可說是「水清無魚」。
珊瑚礁區相當常見的蝶魚，數量僅在2隻/100平方公尺左右，三個潛點都有觀察到硨磲貝，只是個體多半偏小。此外發現棘冠海星數量最多可達3.5隻/100平方公尺，但多是相當小的個體，還不會對此區的珊瑚造成太大威脅。
而三個調查點皆發現黑棉病的蹤跡，初步觀察柴口受到感染的珊瑚群體較其他地點多。
藍莎潛水中心 連續3年當志工
共有10位潛水志工齊力協助完成體檢活動，其中兩位是綠島當地潛水業者藍莎潛水中心的成員，該中心已是第三年持續參與此活動。
有多位志工是第一次參與珊瑚礁體檢。多半從事自由潛水的蘇敬舜表示，以前潛水都不知道珊瑚相關的知識，透過活動所安排的課程，以後就知道可以在海中觀察哪些生物。
另一位志工阮俊愷說，以前潛水時多靠自己摸索認魚，這次來體檢，開始認識其他生物。不過，他也表示，靠岸的時候看到釣客釣上很多體型很小的珊瑚礁魚類，希望政府可以透過海釣船船長，宣導體型過小的魚類放生的觀念，這樣海洋資源才可永續。
活動結束後，主辦單位也邀請志工簽署「守護珊瑚礁連署宣言」，宣言內容包含：減少一次性產品的使用、不吃珊瑚礁魚類、參與淨灘或淨海活動等，而在場人士皆參與連署活動，許下他們對珊瑚礁永久的承諾。
2012年台灣珊瑚礁體檢由台灣環境資訊協會、東部海岸國家風景區管理處主辦、營建署城鄉分署協辦。接下來的體檢行動將在5月底於蘭嶼舉辦，此外，另有「海底總動員—你撿垃圾我送T」的淨海活動同步進行中。
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