10月15日珊瑚礁體檢人員分別在小琉球肚仔坪、漁福港外及厚石群礁三處拉開5米及10米穿越線展開調查。調查結果顯示三處活珊瑚覆蓋率分別為肚仔坪5米:15.625%(差)、肚仔坪10米:15%(差)、漁福港5米:20.625%(差)、漁福港10米:44.375%(普通)、厚石群礁5米:48.125%(普通)、厚石群礁10米:50.625%(優良)，肚仔坪與漁福港5米處表現較差，當地海底地形以岩石為主，珊瑚多呈分散少有連續，漁福港10米處及厚石群礁屬「普通」至「優良」程度。指標性魚類方面只見三兩成對的蝴蝶魚及肚仔坪10米處發現一隻大體型裸胸鯙外，其他指標性魚種皆無紀錄，顯示過漁的現象值得大家注意。而指標性無脊椎動物則以魔鬼海膽為優勢，在三處皆發現體型較大的硨磲貝，厚石群礁10米處紀錄到約30-40公分大小硨磲貝，是今年全台各調查點記錄到的硨磲貝體型之冠，而漁福港10米處則發現龍蝦蹤跡，族群密度約0.25隻/100㎡。
8月12日珊瑚礁體
7月29日珊瑚礁體檢小組前往和美國小進行調查。調查小組分成兩隊、兩個調查點，分別在五米及十米處設置兩次穿越線，當日能見度約5~8米，水溫約27~28度℃。結果顯示，除了第二支下潛五米處活珊瑚覆蓋率較差，只有19.375%之外，其餘三個調查點的活珊瑚覆蓋率約有35-45%，屬於「一般」等級。此地指標性魚類以蝶魚為主，但數量寥寥無幾，多三兩成對共游，第一支十米處及第二支五米處有發現大個體的裸胸鯙。笛鯛和鸚哥魚雖有出現，但數量不多，平均僅0.25隻/100㎡。魚類數量稀少的原因，也可能是因為和美國小為著名潛點，穿越線上時不時有其他潛水人通過，熙來攘往，好不熱鬧！可能因為太過熱鬧，魚兒就嚇得躲起來囉！第二支十米調查員回程時發現洞穴裡出現一隻體型約三十公分左右的石斑，給我們的志工意外的驚喜！指標性無脊椎動物方面，清潔蝦數量約0.5-1.25隻/100㎡，海膽只見零星的魔鬼海膽跟馬糞海膽。本次體檢總結，只能說人比魚多啊!
2010 台灣珊瑚礁體檢選定本島及離島共六個地點進行，時間從六月初至十月初，包含東北角(龍洞、鼻頭角、野柳及蕃仔澳)、綠島、蘭嶼、小琉球、澎湖東嶼坪及台東杉原，共招募了 121 人次潛水志工進行水下調查。
蘭嶼珊瑚礁體檢總分別在野銀灣、玉女岩及雙獅岩進行水下調查。
底質調查結果顯示，硬珊瑚覆蓋率在 39 - 53%之間，最高在玉女岩淺處記錄到 53%，最低在雙獅岩深處記錄到 39%。軟珊瑚覆蓋率則介於 3-8%，最高為在野銀淺處記錄到的 10%，最低為雙獅岩淺處記錄到的 3%。三個地點的活珊瑚覆蓋率介於 42.5-54.38%，尤其野銀灣淺處及玉女岩三處活珊瑚覆蓋率超過50%，珊瑚礁健康狀態屬於「良好」，其餘地點則屬於「尚可」。此外，營養鹽指標藻類的覆蓋率都不高，介於 0 - 9%之間，可能是因為蘭嶼島上居住人口僅三千餘人，且觀光客人次又不如綠島多，因此附近海域中有機物質汙染的情況不嚴重。
綠島珊瑚礁體檢總共在三個地點進行水下調查，由於天候因素，集中在北部，分別為將軍岩、公館及柴口。
底質調查結果顯示，硬珊瑚覆蓋率介於 30-50%，覆蓋率最高處在將軍岩淺處記錄到，而覆蓋率最低處在柴口深處記錄到。軟珊瑚覆蓋率在 4-10%之間，最高為將軍岩淺處的10%，最低為將軍岩深處的 4%。
三個調查地點的活珊瑚覆蓋率都超過 30%，且三個地點淺處的穿越線已超過 50%，以國際珊瑚礁體檢基金會所提出的標準來說，已屬「優質」的健康狀態，而深處的珊瑚礁健康狀態則屬「尚可」。
小琉球珊瑚礁體檢在三個調查點，進行三次水下調查。
數據結果顯示，蛤板灣及美人洞底質組成以岩石為主，四條穿越線覆蓋率高達 70%以上，硬珊瑚覆蓋率除美人洞深處穿越線外，其餘都不到 10%，軟珊瑚覆蓋率也都很低，僅有 0-1%。
根據科學指導員觀察，這兩個地點的珊瑚體型都相當小，珊瑚立體結構非常缺乏，大多是平坦的珊瑚礁岩盤。
根據當地志工口述，數十年前小琉球當地業者為滿足觀光客需求，經常至水下敲下整株石珊瑚後，經漂白曬乾後製，販賣給觀光客。此外，近幾年在美人洞附近興起箱網養殖，殘餌及大量養殖魚的排泄等，也對鄰近海域形成有機質汙染，另外，港口擴建可能也對周邊海域形成干擾。種種因素加總起來，可能是導致這兩地硬珊瑚覆蓋率這麼低的原因。
厚石群礁硬珊瑚覆蓋率則較其他調查地點高，淺深處分別有 39%及 24%。此外，蛤板灣淺處藻類覆蓋率為 14%，顯示水體中可能有過高有機營養鹽汙染，藻類是否會進一步對於當地珊瑚造成威脅，值得進一步追蹤。
澎湖東嶼坪珊瑚礁體檢因天候因素，浪況不佳，因此僅在一個調查點－七尺門－進行兩次水下調查。
數據顯示，七尺門淺處及深處硬珊瑚覆蓋率分別為 14%及 10%，軟珊瑚覆蓋率將相對較高，分別有 39%及 37%，顯示此調查點群聚以軟珊瑚為優勢。岩石底質比例都不算太高，淺處僅有 17%，深處則為 36%。
值得注意的是，淺處的不固定底質(砂加上碎石)共有 28%，成因可能是因為前年蓮花及莫拉克颱風打斷珊瑚分枝，造成許多珊瑚碎片，形成許多碎石。指標性藻類在此調查點覆蓋率相當少，可能是因為島上居民人口稀少，因此鮮少有生活汙水排入，相對於台灣及澎湖本島較少發生有機質汙染。
台東杉原由於天候因素，且水下濁度相當高，因此僅進行了兩支氣瓶的水下調查，分別在南礁1.5 米及中礁4.5 米佈置穿越線。
底質調查結果顯示，硬珊瑚覆蓋率南礁及中礁分別為39%及9%；
軟珊瑚覆蓋率分別為南礁2%及中礁6%；
活珊瑚覆蓋率皆超過30%，顯示當地珊瑚礁狀態處於「尚可」。
底質主要組成依舊以岩石為主，分別為南礁49%及中礁31%；
另外，值得注意的是，中礁的砂覆蓋率達24%。
調查地點包含龍洞、野柳、蕃仔澳及鼻頭角四個地點。
底質組成部分，石珊瑚覆蓋率介於4-43%，龍洞深處最高，蕃仔澳深處最低，軟珊瑚覆蓋率介於0-30%之間，野柳深處最高，鼻頭角及蕃仔澳淺水處則沒有記錄到軟珊瑚。
依照活珊瑚（應珊瑚加上軟珊瑚）覆蓋率來評斷，東北角整體情況可區為兩群，分別是龍洞淺處、鼻頭角及蕃仔澳深處的覆蓋率都低於25%，為「劣等」，其他區域則是屬於「尚可」。
岩石底質在四個地點還是佔據了相當比例的組成，最低龍洞淺處的23%，最高則在野柳深水處及鼻頭角深水處記錄到47%的覆蓋率。
各點活珊瑚覆蓋率相差許多，可能原因為東北角珊瑚礁是不連續的分布，且底質組成相當不均勻。另外，值得注意的是，龍洞淺處、鼻頭角水處及蕃仔澳都記錄到相當高覆蓋率的藻類，約在30-46%之間，顯示鄰近海域水體內有機營養鹽濃度可能有增高。
